Mantener el orden público, ejercer el control de la seguridad de la navegación como Autoridad Policial en las áreas: Marítima, Fluvial y Lacustre en jurisdicción de la Armada e intervenir en el abanderamiento de buques y cumplir funciones registrales, a fin de contribuir con la misión de la misma.
El campo cuartelado en sotuer, de gules y azur, representa los colores del primer distintivo de la Capitanía General de Puertos, cuyo origen se remonta a la segunda mitad del siglo XIX. En el corazón del escudo, como figura heráldica de mayor jerarquía campea un sol de oro figurado (con representación de cara humana) como símbolo de excelencia de la Patria, que alude a su majestad y soberanía. El Gules (rojo) del segundo y tercer cuartel es símbolo de valor, atrevimiento e intrepidez.
El azur (azul) del primer cuarto cuartel, es símbolo de justicia, celo, verdad y lealtad. La bordura viene en sable (negro) por ser símbolo honestidad y rigor, identificado a la Prefectura Nacional Naval. Esta en su calidad de Autoridad Marítima de la República, representa al Estado ejerciendo la Policía de Seguridad de Navegación y el Orden Público, en las aguas de jurisdicción nacional, en su franja costera, puertos y aguas navegables, como así también en los buques que enarbolan la bandera uruguaya. Viene cargada con tres soles octogonales figurados, en oro sin guarnir, representando las primeras Capitanías de Puertos, situadas en Montevideo, Maldonado y Colonia.
Estado Mayor de la Prefectura Nacional Naval – EMPRE
Secretaría de la Prefectura Nacional Naval – SEPRE
Ayudantía de la Prefectura Nacional Naval – AYPRE
Aseroría Letrada – ASELA
División investigaciones de la Prefectura Nacional Naval – DIVIN
Dirección de Protección de Medio Ambiente – DIRMA
Dirección de Tráfico Marítimo – DIMAR
Oficina de Trámites de Buques Históricos Hundidos – TRABU
Coordinador Informático – CORIN
Secretaría de Protección Marítima – SEPMA
Secretaría Financiero Contable – SEFIC
Jefatura de la Circunscripción del Río Negro – JECRO
Jefatura de la Circunscripción del Océano Atlántico – JECOA
Jefatura de la Circunscripción del Río de la Plata – JECRI
Jefatura de la Circunscripción del Río Uruguay – JECUR
Prefectura del Puerto de Montevideo – PREMO
Dirección Registral y de Marina Mercante – DIRME
División Deportes Náuticos – DIDEN
Comisión Técnica de la DIRME – COTEC
Departamento de Legislación y Acuerdos Internacionales – DELEA
Prefecturas y Sub Prefecturas – PRESU
9 de febrero de 1829
Capitanía del Puerto de Montevideo
1º de diciembre de 1882
Coronel Ventura SILVEIRA 01.12.1882 al 01.02.1887
General Luis E. PÉREZ 01.02.1887 al 01.02.1887(2)
Coronel Eduardo E: OLAVE 25.02.1887 al 01.04.1887
Coronel Bernardo DUPUY 27.06.1887 al 23.08.1887(1) 24.08.1887 al 22.11.1892
Coronel Julio MURO 08.12.1892 al 28.02.1894
28 de febrero de 1894
Coronel Julio MURO 28.02.1894 al 22.11.1897
Coronel Pedro P.SOLANO 22.11.1897 al 14.03.1898
10 de marzo de 1898
Coronel Angel CASALLA 14.03.1898 al 13.05.1898
Coronel Carlos GAUDENCIA 13.05.1898 al 22.01.1900
Coronel Ignacio BAZZANO 22.01.1900 al 22.08.1901
Coronel Sebastián BOUQUET 22.08.1901 al 31.03.1902
Coronel Ignacio BAZZANO 31.03.1902 al 10.07.1904
Coronel Juan A.PINTOS 10.07.1904 al 23.05.1905
Don Alejo IDIARTEGARAY 23.05.1905 al 30.05.1905(1)
Coronel Juan A.PINTOS 30.05.1905 al 20.01.1906
Coronel Guillermo LYONS 20.01.1906 al 15.11.1915
15 de noviembre de 1915
Coronel Guillermo LYONS 15.11.1915 al 18.07.1923
Capitán de Navío Eduardo MURO 19.12.1923 al 11.05.1927
Cap. de Fragata Federíco UGARTECHE 11.05.1927 al 07.05.1931
Cap. de Navío Carlos BALDOMIR 07.05.1931 al 11.12.1933
Cap. de Navío Arturo JUAMBELTZ 13.12.1933 al 11.02.1934(3)
11 de agosto de 1934
Capitán de Navío Horacio AGUIAR 28.09.1934 al 20.06.1936
Capitán de Navío Rodolfo HERNANDEZ 28.09.1936 al 01.10.1938
Capitán de Fragata Juan J.MILLER 01.10.1938 al 27.02.1943
Capitán de Fragata Noel MANCEBO 27.02.1943 al 28.11.1947
21 de noviembre de 1947 4
Capitán de Navío Alfredo AGUIAR 06.12.1947 al 16,04.1948
Contra Almirante Juan CORREA 16.04.1948 al 29.05.1953
Contra Almirante Enrique MILANS 26.05.1953 al 13.10.1954
Contra Almirante Santiago TURCIO 14.10.1954 al 26.03.1957
Capitán de Navío Angel NILO SIERRA 12.03.1959 al 15.01.1960
Contra Almirante Héctor A.BORCHE 15.01.1960 al 08.10.1963
Capitán de Navío Omar AGUIRRE 08.10.1963 al 13.03.1967
Contra Almirante José O.ROSSI 14.03.1967 al 17.04.1972
Capitán de Navío Lázaro PINKO 18.04.1972 al 14.01.1973
14 de enero de 1973
Capitán de Navío Lázaro PINKO 14.01.1973 al 14.02.1973
Capitán de Navío Víctor GONZALEZ 15.02.1973 al 27.04.1973
Capitán de Navío Carlos R.LANDONI 28.04.1973 al 21.05.1973
Capitán de Navío Francisco SANGURGO 22.05.1973 al 01.03.1976
Capitán de Navío Jorge BRUSSONE 02.02.1976 al 02.05.1977
Capitán de Navío César R.REINOSO 12.05.1977 al 13.01.1978
Contra Almirante Enrique HARRIET 03.01.1978 al 30.05.1980
Contra Almirante José P. IMIZCOZ 30.05.1980 al 12.03.1984
Contra Almirante Jorge FERNANDEZ 12.03.1984 al 05.06.1986
Capitán de Navío Mario RODRIGUEZ LUIS 05.06.1986 al 30.04.1987
Contra Almirante Ramón ROBATTO 30.04.1987 al 03.04.1990
Contra Almirante Ricardo MURIALDO 03.04.1990 al 20.12.1991
Contra Almirante Gualberto RUIZ 20.12.1991 al 09.02.1993
Contra Almirante Raúl W.RISSO 09.02.1993 al 07.04.1995
Contra Almirante Francisco PAZOS MARESCA 07.04.1995 al 12.11.1997
Contra Almirante Carlos GIANI 12.11.1997 al 30.12.1998
Contra Almirante Oscar OTERO IZZI 30.12.1998 al 03.04.2002
Contralmirante Tabarè Y. Daners Eyras 03.04.2002 al 01.02.2004
Contralmirante Juan H. Fernandez Maggio 01.02.2004 al 01.02.2006
Contralmirante Oscar P. Deballi de Palleja 01.02.2006 al 02.02.2010
Contralmirante Hugo Viglietti Di Mattia 02.02.2010 al 13.09.2010
Contralmirante O. Lebel Baptista 13.09.2010 al 14.05.2012
Capitán de Navío (CP) Julio Samandù Sellanes 30.05.2012 al 18.06.2014
Leyenda:
1- Interino
2- Renuncia
3- En su persona recayó el peso de tres desafíos de vital importancia: Director de Armada (8 de mayo de 1931 – 9 de abril de 1938); Capitán General de Puertos e Inspector General de Marina.