El Comando de las Fuerzas de Mar tiene como Misión:
"Alistar las Unidades Navales de superficie que se le asignen a fin de que sean empleadas en las Operaciones Navales que le sean requeridas al Comando de la Flota para cumplir con la misión de la Armada".

Las Tareas conexas a esta Misión, son:
- Asegurar el alistamiento operacional de las Unidades de Superficie que se le asignen.
-Supervisar y ejercer la autoridad en la Fuerza de Mar para llevar a cabo las operaciones y entrenamientos básicos.
-Conducir y ejercer el Comando de las organizaciones de Tarea que se le asignen para ejecutar operaciones de combate u otras que se le ordenen.