Misión

El Estado Mayor de la Flota es el órgano asesor, coordinador y planificador que apoya al Comandante de la Flota en el ejercicio de sus funciones de mando.
Decreto de creación. En el decreto de creación del Comando de la Flota (COMFLO), Decreto del Poder Ejecutivo Nº 849/985 del 30 de Diciembre de 1985; en su Artículo 3° inciso b.- se establece el "Estado Mayor de la Flota" como parte integrante de la Flota.
Constituye un Estado Mayor Operativo al que le compete auxiliar al Comandante en la selección y en la implementación de soluciones efectivas para los problemas que se le presenten.
Organización del Estado Mayor de la Flota: La O/I COMFLO Nº 6035.2/2007, establece la actual Organización Administrativa del Estado Mayor.

Son tareas generales y primarias del Estado Mayor de la Flota:

Tareas
Asesora al Comandante en todas las áreas de decisión que este lo requiera.
Se mantiene informado de las decisiones y políticas del Comandante.
Transmitir decisiones elaborando planes, directivas, instrucciones, etc.
Velar por la difusión y cumplimiento de las órdenes del Comandante.
Proporciona al Mando elementos de juicio y datos para la toma de decisiones.
Mantiene al Comandante informado en forma permanente, de la situación de las fuerzas propias y enemigas.
Mantiene informado al Comandante de las situaciones corrientes y en desarrollo.
Supervisa el cumplimiento de "La Acción Planificada".
Mantiene al día las apreciaciones, planes y ordenes necesarias que le permitan informar y asesorar al Comandante en tiempo y forma.
Efectúa Apreciaciones y Estudios de EM.
Se mantiene alistado para en caso de guerra, asesorar al Comandante referente a los enlaces con otros Comandos Operacionales, mediante la planificación y estudio de los planes y órdenes necesarios para esta situación específica; para lo cual debe conocer e interpretar el Concepto del Comandante.
Mantener el alistamiento operativo y soporte logístico del Centro de Operaciones Tácticas (COT)